Hai convertito il JED in SVF e quindi in XSVF usando quel tool che ho linkato sopra? Perchè se usi impact per generare l'XSVF potresti avere problemi.
Comunque quell'errore all'inizio indica che fallisce una verifica predisposta all'inizio del file XSVF. Probabilmente è un controllo sull'ID prima della programmazione che non dovrebbe fallire se il file XSVF è compatibile con il chip, a meno che non ci siano problemi sulla parte elettronica che non mi pare ci siano visto che l'altra CPLD viene programmata.
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